西暦 2205 年。 歴史改変を目論む「歴史修正主義者」によって過去への攻撃が始まった。
時の政府は「審神者」なるものたちに歴史の守護を命じる。 その審神者の物の心を励起 れいき する力によって生み出された、「刀剣男士」たちは、さだめられた歴史を守る戦いへと身を投じるのだった。
ある日、彼らの本丸に新しい刀剣男士が顕現する。 不動行光──戦国武将・織田信長が佩用し、彼に仕えた近習・森蘭丸へと授けられることとなる一振りである。 不動行光は信長の愛刀であったことの誇りを顕わにするが、同じく信長を元主とする宗三左文字、へし切長谷部、 薬研藤四郎らとうまく噛み合わない。近侍に任命された山姥切国広は、不動行光の参入により和の乱れた本丸を立 て直そうと奔走する。 そのさなか、審神者より天正十年──織田信長が果てた歴史的事件「本能寺の変」へ出陣の命が下だるのだった…
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